哲学研究所成立于1979年，主要从事中国哲学及中国宗教研究，尤以南宋浙学、阳明学及其学派为研究强项。中国宗教研究，则以中国佛教思想传统为重点，兼及现实宗教问题研究。现有研究人员6人，其中研究员3人，副研究员2人，4人具有博士学位。
建所近30年来，哲学研究所曾先后承担了国家社科基金重点项目、省社科规划重大课题及本院的大量研究课题，取得了丰硕的科研成果。获省哲学社会科学优秀成果奖多项。文献典籍等资料整理出版：《黄宗羲全集》、《王阳明全集》、《刘宗周全集》、《阳明后学文献丛书》（第一辑，全12册）等，在海内外学术界有相当影响。主要学术专著有：《黄老之学通论》、《儒家哲学片论》、《陈亮评传》、《天台宗研究》、《马一浮思想研究》、《阳明学的形成与发展》、《民国浙江佛教研究》、《晚明佛教思想研究》、《法藏评传》、《浙中王门研究》、《阳明后学与晚明佛教》等。另在《哲学研究》、《中国哲学史》、《世界宗教研究》、《孔子研究》、《佛学研究》、《禅学研究》及《阳明学》（日本）、《中国文哲研究集刊》、《汉学研究》、《哲学与文化》、《宗教哲学》等学术刊物发表论文数百篇。
近年来，哲学研究所还积极开展研究生教育，分别与杭州师范大学、中国计量学院共同设立“中国哲学”2个硕士点，主要培养儒家思想研究、中国佛学研究和浙江思想文化研究方向的硕士生。
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