宗教研究所筹建于1980年，1985年正式成立哲学宗教研究所，1988年改名为宗教研究所。宗教研究所现有10名研究人员。其中，7名硕士，3名本科；2名研究员、4名副研究员、2名助理实习员、2名研究实习员。主要研究方向为藏传佛教、苯教和宗教哲学三大领域。
在宗教所原顾问——已故著名学者波米•强
19本专著——《拉萨地区寺庙简志》、《聂荣县寺庙志》、《雪域沉思录》、《藏族哲学的理智》、《西方哲学词典》、《新思维浪潮——探求藏传佛教的思考》、《藏族文化与知识经济》、《语言概论新探》、《阿里史话》、《阿里阿钦寺壁画艺术研究》、《苯教五行算法》、《藏族传统文化与野生动物的保护》、《楚布寺志》、《哲蚌寺新志》、《苯教史》、《西藏宗教史》、《十一世纪至十二世纪寺庙调查研究》、《藏传佛教中弘期有关问题考》、《藏传因明逻辑思维新谈》、《阿里文明史》、《藏传佛教噶举派》、《藏传佛教格鲁派》、《藏传佛教萨迦派》、《藏传佛教宁玛派》等。
8本译著——《雅拉香布山下的文明》、《昌珠寺史事大观》、《蔡公堂寺通史》、《仓央嘉措道歌》、《松赞干布传略》（以上5部皆为藏译英）、《西方藏学专家苯教研究论文集》（英译藏）、《扎芭林札——晓谕四方书》、《因明学》等。
5本合著——《西藏封建农奴制社会形态》、《西藏宗派宗论》、《西藏森巴战争》、《宗教知识手册》、《西藏宗教知识丛书》等。
另外还完成有调研报告20多篇、译文30多篇、课题任务40余个及240多篇用藏汉英文撰写的论文。此外，编著《转世活佛》于1985年获得社科院颁发奖项；《藏传佛教基本知识》于1997年获得西藏社科院颁发的“1996年度优秀科研成果奖专著类二等奖”。
宗教研究所的专家学者积极参与中国少数民族古籍编目的整理和编撰工作，已整理完成8000多个条目（近200余万字），并保质保量地完成了国家社科基金项目《现存藏传佛教典籍初步调查与整理的可行性方案》（与中国社会科学院合作）的大型调研报告（约20余万字），于2005年获得西藏社科院颁发的“调研报告一等奖”。
近年来，宗教研究所的专家学者发挥自身优势，与国外藏学研究机构进行了广泛的学术交流，曾与美国哈佛大学、弗吉尼亚大学、英国牛津大学、法国巴黎大学、德国慕尼黑大学、奥地利维也纳大学、日本大谷大学等进行学术交流和讲座。此外，宗教所参加历届国际藏学会共计数人次。
宗教研究所今后将要完成的主要课题有：院重大课题《西藏宗教通史》、《苯教仪轨比较研究》、《苯教文化辞典》、《进化的藏传佛教哲学》、《拉萨四大林历史》、《哲蚌寺壁画研究》等专著及《第四、五、六世班禅传》（节选）。
宗教研究所现任所长：次仁加布，研究员 副所长：西尼崔臣，研究员
宗教研究所历任所长:
第一任：黄文焕 马久代所长
第二任：桑林·晋美
第三任：何宗英
第四任：次旦伦珠 西尼崔臣代所长
第五任：次仁加布
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